# Paramos el servicio de MySQL.
/etc/init.d/mysql stop
mysqld_safe --skip-grant-tables &
# recibimos un mensaje como este:
# mysql # nohup: ignoring input and redirecting stderr to stdout. Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
# Y le indicamos a MySQL que deseamos acceder como usuario root.
mysql -u root
# y recibimos el mensaje de bienvenida a MySQL:
# Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
# Your MySQL connection id is 1
# Server version: 5.0.44-log Gentoo Linux mysql-5.0.44-r2
# Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
# Una vez dentro solo tenemos que indicarle la Base de Datos a usar.
mysql>use mysql;
# y posteriormente realizamos el cambio de clave para el usuario seleccionado.
mysql>update user set password=PASSWORD("nueva-clave") where User='root';
mysql>flush privileges;
mysql>quit
# Paramos el servicio y lo volvemos a iniciar.
/etc/init.d/mysql stop
/etc/init.d/mysql start
# Ahora solo debemos comprobar que accede con la nueva clave.
mysql -u root -p